这种局面一直持续到2013年底，国务院常务会议最终决定，将分散在多个部门的不动产登记职责整合由国土资源部承担。职责整合以后，针对不同类型的不动产，将由林业部门发林权证，农业部门发土地承包经营权证，建设部门发房产证、宅基地证，国土部门发土地使用权证。
原中国社科院城市发展与环境研究所所长牛凤瑞告诉《经济参考报》记者，统一登记意味着将涉及十余个部门的职责和权力整合、统一到一个部门，必将涉及各个部门的职责再分配，也不可避免要触及其他部门的实际利益，其难度可想而知。
不动产登记如何做到“城乡统一”也是难题之一。牛凤瑞说，不动产类别、性质十分复杂，且城乡之间有较大差异，给统一登记工作带来挑战。仅从城市的房产来看，就存在“房改房”、普通商品房、经济适用房等多个种类，“产权怎么明晰、性质怎么确定都很难操作”。
农村近年来人口结构变化巨大，宅基地的位置、大小、性质等还涉及复杂的社会经济关系，统一登记在细节上的难度非常大。牛凤瑞说“比如，宅基地虽然为集体所有，但是在农村实际上可以世代继承，很多农民听说开始确权登记以后都回家去盖房子。”不动产登记要落实起来，未来不能不考虑一些关联效应，比如城乡户籍制度改革等。这些都是未来需要解决的问题。
牛凤瑞还认为，不动产登记工作实际上主要针对个人财产权属进行登记，但是当前阶段，与个人财产相关的各种所有权属类别很多，界定却很难，很多权属在法理层面尚未完全理顺。涉及不动产登记时，利益矛盾很多。
中原地产首席分析师张大伟认为，目前不动产登记推进面临两大阻力。首先，不动产登记涉及个人私有财产或者隐私，人们不愿意配合。另外，一些地方或部门属于拥有多套住房的群体或既得利益者，进行不动产统一登记、住房信息联网，意味着要打破既得利益，所以这些部门大多不愿主动配合联网工作。
影响
对出台房地产税有间接效应
在意见稿的“登记信息共享与保护”章节中，明确规定：不动产登记有关信息与住房城乡建设、农业、林业、海洋等部门审批、交易等信息应当实时互通共享。
此外，国土资源、公安、民政、税务、工商、金融、审计、统计等部门应当加强不动产登记有关信息互通共享。权利人、利害关系人可以依法查询、复制不动产登记资料，不动产登记机构应当提供。有关国家机关可以依照法律、行政法规的规定查询、复制与调查处理案件有关的不动产登记资料。
业内分析指出，这将有利于房产等信息的透明化，甚至有利于推动房产税的征收和反腐工作的进行，存在明显的政策溢出效应。
同策咨询研究部总监张宏伟告诉《经济参考报》记者，意见稿提出，权利人、利害关系人可以依法查询、复制不动产登记资料，不动产登记机构应当提供。“以人查房”不仅会成为一些官员的梦魇，也会成为“房叔、房婶”这些投机客较为头疼的问题。
伟业我爱我家集团副总裁胡景晖表示，“以人查房”由此引发的部分抛售、资产处理情况，将促进未来房地产市场新房、二手房、租赁市场的房屋供应，缓解部分城市或者局部区域的市场供需矛盾，减缓房价和房租上涨的压力。
胡景晖告诉记者，房屋抛售在增加市场供应的同时，甚至会影响到上游开发商的拿地速度、土地储备、企业战略、推盘计划等诸多方面。
就房地产行业和市场来说，胡景晖认为，不动产登记一方面将改变以往市场信息缺失、无法摸清家底所造成的监管和措施失灵的被动情况，让未来的市场调控更具针对性;另一方面，也将为限购、限贷等行政命令式调控手段全面退出，房产税、遗产税等财产性税收的出台奠定基础。
